開発者ドキュメント

Ubuntu14.04でRを設定する方法

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序章

R は、統計計算とグラフィックスを専門とする人気のあるオープンソースプログラミング言語です。 これは、統計ソフトウェアを開発し、データ分析を実行するために統計家によって広く使用されています。 Rの強みの1つは、ユーザーが独自のパッケージを作成して送信できるようにすることで、高度かつ簡単に拡張できることです。 Rコミュニティは非常に活発であることが知られており、特定の研究分野に対してユーザーが生成した統計パッケージを継続的に追加することで知られています。これにより、Rは多くの研究分野に適用可能になります。

「包括的なRアーカイブネットワーク」（ CRAN ）は、多数のRパッケージとRディストリビューション自体で構成される、同一のマテリアルを保持するサイト（ミラーと呼ばれる）のコレクションです。 Rおよび多くのRパッケージはCRANミラーのいずれかからダウンロードできますが、RStudioミラーを使用します。

このガイドでは、Ubuntu14.04を実行しているDigitalOceanDropletでRを設定する方法を学習します。 ドロップレットが別のオペレーティングシステムを実行している場合でも、ほとんどの手順が適用されますが、一部のコマンドを変更する必要がある場合があります。 このガイドに従って完了するには、約10〜15分かかります。

前提条件

このチュートリアルでは、次のものが必要になります。

ステップ1—APTの設定

Rをインストールするには、 APT （Advanced Packaging Tool）ツールを使用します。 パッケージのダウンロード元のソースをリストした特別なファイルを使用します。 そのファイルは/etc/apt/sources.listです。 Rの最新バージョンを取得するには、ソースファイルに行を追加して、正しいリポジトリをソースのリストに追加する必要があります。 追加する必要のある正確な行は、Ubuntuの正確なバージョンによって異なります。 Ubuntu 14.04の場合、次のコマンドを実行して、正しいリポジトリを/etc/apt/sources.listに追加します。

  1. sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

別のバージョンのUbuntuを実行している場合は、追加する正しいリポジトリについてこのドキュメントを参照してください。

APTを使用してダウンロードされたパッケージを認証するには、公開鍵を追加する必要があります。 CRAN上のUbuntuアーカイブは、IDE298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9のキーで署名されています。 このキーをシステムに追加します。

  1. gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

次に、aptにキーを追加する必要があります。

  1. gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

ステップ2—Rのインストール

APTが適切に設定されたので、これを使用してRをインストールする準備が整いました。

まず、ソースリストを更新したので、利用可能なパッケージのリストを更新する必要があります。

  1. sudo apt-get update

これで、Rをインストールできます。 パッケージをダウンロードするかどうかを尋ねられたときに、-yフラグを使用して、はいと自動的に応答します。

  1. sudo apt-get -y install r-base

この時点で、Dropletに最新のRバージョンがインストールされているはずです。 これをテストするには、Rコマンドを実行します。

  1. R

次のような出力が表示されます。

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

これで、Rインタラクティブシェル内に移動し、任意のRコマンドを実行できます。

Rを終了し、q()機能を使用してドロップレットに戻ります。

  1. q(save = "no")

ステップ3—CRANからのRパッケージのインストール

ドロップレットにRがインストールされたので、ドロップレットのすべてのユーザーがRを使用できます。 Rをインストールすると、いくつかのデフォルトパッケージが自動的にインストールされますが、Rで本当に意味のあることを行うには、おそらく追加のパッケージをインストールする必要があります。 多くのパッケージをインストールするには、少なくとも1GBのRAMを使用できるようにすることが重要です。

前述のように、CRANはR自体だけでなく、多くのRパッケージもホストします。 CRANでホストされている新しいRパッケージをインストールするには、または既存のパッケージを更新するには、Rのinstall.packages()関数を使用します。 パッケージsomepackageをインストールする場合は、Rを開いて、次のRコマンドを実行します。

# This is an example, do not run this
install.packages("somepackage")

ただし、Rの特定のユーザーによってインストールされたパッケージは、デフォルトでそのユーザーのみが使用できます。 たとえば、ユーザーsammyがsomepackageをインストールした場合、ユーザーjessieはsomepackageもインストールするまで使用できません。

root としてインストールすることにより、Droplet上のすべてのユーザーが利用できるようにRパッケージをインストールすることができます。 例として、RコードからWebアプリケーションを作成するために使用される非常に人気のあるパッケージであるshinyパッケージをインストールしてみましょう。 パッケージをrootとしてインストールする1つの方法は、 root としてログインし、Rを実行して、install.packages()コマンドを実行することです。 ただし、 root としてログインしないことをお勧めします。そのため、代わりにrootとしてRコマンドを実行できます。 また、reposパラメーターを指定して、R自体をダウンロードするときに使用したものと同じRStudioCRANリポジトリーからパッケージがダウンロードされるようにします。

  1. sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Rを開いてinstall.packages()コマンドを実行するのではなく、この方法でパッケージをインストールすることにより、shinyパッケージをドロップレット上のすべてのユーザーが利用できるようになります。

shinyをロードして、正しくインストールされていることを確認しましょう。 Rセッションを開始します。

  1. R

Rで、shinyパッケージをロードしてみてください。

  1. library(shiny)

前のコマンドを実行してもエラーは発生しません。 ここでRを終了します。

  1. q(save = "no")

ステップ4—devtoolsパッケージのインストール

多くのRパッケージはCRANでホストされており、組み込みのinstall.packages()関数を使用してインストールできますが、 GitHub でホストされているが、CRANにはないパッケージは他にもたくさんあります。 GitHubからRパッケージをインストールするには、devtools Rパッケージを使用する必要があるので、インストールしましょう。

devtools Rパッケージでは、3つのシステムパッケージ、つまりlibcurl4-gnutls-dev、libxml2-dev、およびlibssl-devcをドロップレットにインストールする必要があります。 次の3つのパッケージをインストールします。

  1. sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

これで、devtoolsRパッケージをインストールできます。 devtoolsはすべてのユーザーが使用できるようにする必要があるため、Rセッション内にインストールするのではなく、上記と同じ方法を使用してインストールすることを忘れないでください。

  1. sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

devtoolsをインストールする上記のコマンドは、完了するまでに数分かかる場合があります。

ステップ5—GitHubからRパッケージをインストールする

devtoolsがインストールされたので、install_github()関数を使用して、GitHubにある任意のRパッケージをインストールできます。 CRANパッケージの場合と同様に、GitHubパッケージをインストールするときは、システムシェルからコマンドを実行して、すべてのユーザーがパッケージを利用できるようにする必要があります。 shinyパッケージに機能を追加するshinyjsGitHubパッケージをインストールしてみましょう。 GitHubパッケージは、その作成者（daattali）とその名前（shinyjs）によって定義されます。

  1. sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

shinyjsをロードして、正しくインストールされていることを確認しましょう。 Rセッションを開始します。

  1. R

Rで、shinyjsパッケージをロードしてみてください。

  1. library(shinyjs)

前のコマンドを実行すると、一部のメッセージが表示される可能性がありますが、エラーメッセージは表示されません。 ここでRを終了します。

  1. q(save = "no")

次のステップ

これで、DropletにRがインストールされました。

Rの詳細については、公式R Webサイトにアクセスするか、スワールパッケージを使用してRを実践的かつインタラクティブに学習してみてください。

CRANとその提供内容の詳細については、公式CRANWebサイトにアクセスしてください。

ドロップレットにRコードを記述した方がよい場合は、このチュートリアルを使用してRStudioサーバーをインストールすることをお勧めします。

ドロップレットでShinyコードのいずれかをホストする場合は、このチュートリアルを使用してShinyサーバーをインストールすることをお勧めします。

結論

このガイドでは、Ubuntu14.04ドロップレットでRをセットアップするために必要な手順を実行しました。 また、GitHubとCRANからRパッケージをインストールすることの違いと、これらのパッケージをDropletのすべてのユーザーが利用できるようにする方法についても学びました。

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