Debian9にRをインストールする方法
序章
Rは、統計計算とグラフィックスを専門とするオープンソースのプログラミング言語です。 R Foundation for Statistics Computingによってサポートされており、統計ソフトウェアの開発やデータ分析の実行に広く使用されています。 活発なコミュニティでますます人気があり拡張可能な言語であるRは、特定の研究分野向けにユーザー生成パッケージを多数提供しているため、多くの分野に適用できます。
このチュートリアルでは、Rをインストールし、公式の Comprehensive R Archive Network(CRAN)からパッケージを追加する方法を示します。
前提条件
このチュートリアルを実行するには、次の機能を備えたDebian9サーバーが必要です。
- 少なくとも1GBのRAM
sudo
権限を持つroot以外のユーザー
このセットアップを実現する方法については、Debian9初期サーバーセットアップガイドに従ってください。
これらの前提条件が整ったら、始める準備ができています。
ステップ1—依存関係のインストール
Rは動きの速いプロジェクトであるため、Debianのリポジトリから常に最新の安定バージョンを入手できるとは限りません。そのため、CRANが管理する外部リポジトリを追加する必要があります。 これを行うには、Debian9クラウドイメージのいくつかの依存関係をインストールする必要があります。
証明書を管理およびダウンロードするネットワーク操作を実行するには、dirmngr
をインストールして、外部リポジトリを追加できるようにする必要があります。
- sudo apt install dirmngr --install-recommends
DebianへのPPA参照を追加するには、add-apt-repository
コマンドを使用する必要があります。 このコマンドを使用できないインストールの場合は、software-properties-common
をインストールして、このユーティリティをシステムに追加できます。
- sudo apt install software-properties-common
最後に、安全なプロトコルをHTTPSでサポートできるようにするために、次のツールをインストールします。
- sudo apt install apt-transport-https
これらの依存関係が整ったら、Rをインストールする準備が整います。
ステップ2—Rのインストール
Rの最新バージョンでは、CRANリポジトリからインストールします。
注: CRANはネットワーク内にリポジトリを維持しますが、すべての外部リポジトリが信頼できるわけではありません。 信頼できるソースからのみインストールしてください。
まず、関連するGPGキーを追加しましょう。
- sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
コマンドを実行すると、次の出力が表示されます。
OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.k3UoM7WQGq/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <[email protected]>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg: imported: 1
信頼できるキーを取得したら、リポジトリを追加できます。 Debian 9(Stretch)を使用していない場合は、リリースごとに名前が付けられたサポートされているRProjectDebianブランチを確認できます。
- sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/'
次に、新しいリポジトリからのパッケージマニフェストを含めるために、この後にupdate
を実行する必要があります。
- sudo apt update
表示される出力の中で、次のような行を特定する必要があります。
Output...
Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ InRelease [4,371 B]
Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ Packages [50.1 kB]
...
上記の行がupdate
コマンドからの出力に表示される場合は、リポジトリが正常に追加されています。 古いバージョンを誤ってインストールすることはありません。
この時点で、次のコマンドを使用してRをインストールする準備が整いました。
- sudo apt install r-base
インストールの確認を求められたら、y
を押して続行します。
執筆時点で、CRANからのRの最新の安定バージョンは3.5.1であり、Rを起動すると表示されます。
システム上のすべてのユーザーにサンプルパッケージをインストールすることを計画しているため、ライブラリをすべてのユーザーが自動的に使用できるように、Rをrootとして起動します。 または、sudo
を指定せずにR
コマンドを実行すると、ユーザー用にパーソナルライブラリを設定できます。
- sudo -i R
Output
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>
これにより、Rが正常にインストールされ、インタラクティブシェルに入ったことを確認できます。
ステップ3—CRANからのRパッケージのインストール
Rの強みの一部は、利用可能な豊富なアドオンパッケージです。 デモンストレーションの目的で、 txtplot をインストールします。これは、散布図、折れ線グラフ、密度プロット、acf、棒グラフを含むASCIIグラフを出力するライブラリです。
- install.packages('txtplot')
注:次の出力は、パッケージがインストールされる場所を示しています。
Output...
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .
Rをルートとして実行したため、このサイト全体のパスを使用できます。 これは、すべてのユーザーがパッケージを利用できるようにするための正しい場所です。
インストールが完了すると、txtplot
をロードできます。
- library('txtplot')
エラーメッセージがない場合、ライブラリは正常にロードされています。 軸ラベルを使用した基本的なプロット関数を示す例を使用して、これを実行してみましょう。 Rのdatasets
パッケージで提供されるサンプルデータには、1920年代のデータに基づいて、車の速度と停止に必要な距離が含まれています。
- txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
Output +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
120 + * +
| |
d 100 + * +
i | * * |
s 80 + * * +
t | * * * * |
a 60 + * * * * * +
n | * * * * * |
c 40 + * * * * * * * +
e | * * * * * * * |
20 + * * * * * +
| * * * |
0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
5 10 15 20 25
speed
txtplot
について詳しく知りたい場合は、Rインタープリター内からhelp(txtplot)
を使用してください。
プリコンパイルされたパッケージは、install.packages()
を使用してCRANからインストールできます。 利用可能なものの詳細については、名前別の利用可能なCRANパッケージリストを介して名前別に整理された公式パッケージのリストを見つけることができます。
Rを終了するには、q()
と入力します。 ワークスペースの画像を保存する場合を除いて、n
を押すことができます。
結論
Rがサーバーに正常にインストールされたら、 RStudioサーバーのインストールに関するこのガイドに興味があり、完了したばかりのサーバーベースの展開にIDEを導入できます。 シャイニーサーバーをセットアップしてRコードをインタラクティブなWebページに変換する方法も学ぶことができます。
さまざまなツールを利用してRパッケージをインストールする方法の詳細については、 GitHub、BitBucket、またはその他の場所から直接