Ubuntu14.04でRを設定する方法

投稿日: 2022-10-23 2022-10-23
タグ: Applications, R, ubuntu

序章

R は、統計計算とグラフィックスを専門とする人気のあるオープンソースプログラミング言語です。これは、統計ソフトウェアを開発し、データ分析を実行するために統計家によって広く使用されています。 Rの強みの1つは、ユーザーが独自のパッケージを作成して送信できるようにすることで、高度かつ簡単に拡張できることです。 Rコミュニティは非常に活発であることが知られており、特定の研究分野に対してユーザーが生成した統計パッケージを継続的に追加することで知られています。これにより、Rは多くの研究分野に適用可能になります。

「包括的なRアーカイブネットワーク」（ CRAN ）は、多数のRパッケージとRディストリビューション自体で構成される、同一のマテリアルを保持するサイト（ミラーと呼ばれる）のコレクションです。 Rおよび多くのRパッケージはCRANミラーのいずれかからダウンロードできますが、RStudioミラーを使用します。

このガイドでは、Ubuntu14.04を実行しているDigitalOceanDropletでRを設定する方法を学習します。ドロップレットが別のオペレーティングシステムを実行している場合でも、ほとんどの手順は適用されますが、一部のコマンドを変更する必要がある場合があります。このガイドに従って完了するには、約10〜15分かかります。

前提条件

このチュートリアルでは、次のものが必要になります。

少なくとも1GBのRAMを搭載したUbuntu14.04ドロップレット。このチュートリアルのすべてのコマンドは、root以外のユーザーとして実行する必要があります。コマンドにrootアクセスが必要な場合は、その前に sudo. Ubuntu 14.04を使用したサーバーの初期設定では、ユーザーを追加してsudoアクセスを許可する方法について説明しています。

ステップ1—APTの設定

Rをインストールするには、 APT （高度なパッケージツール）ツールを使用します。パッケージのダウンロード元のソースをリストした特別なファイルを使用します。そのファイルは /etc/apt/sources.list. Rの最新バージョンを取得するには、ソースファイルに行を追加して、正しいリポジトリをソースのリストに追加する必要があります。追加する必要のある正確な行は、Ubuntuの正確なバージョンによって異なります。 Ubuntu 14.04の場合、次のコマンドを実行して正しいリポジトリを追加します /etc/apt/sources.list.

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

別のバージョンのUbuntuを実行している場合は、追加する正しいリポジトリについてこのドキュメントを参照してください。

APTを使用してダウンロードされたパッケージを認証するには、公開鍵を追加する必要があります。 CRAN上のUbuntuアーカイブは、IDE298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9のキーで署名されています。このキーをシステムに追加します。

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

次に、キーを追加する必要があります apt.

gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

ステップ2—Rのインストール

APTが適切に設定されたので、これを使用してRをインストールする準備が整いました。

まず、ソースリストを更新したので、利用可能なパッケージのリストを更新する必要があります。

sudo apt-get update

これで、Rをインストールできます。を使用します -y パッケージをダウンロードするかどうかを尋ねられたときにはいと自動的に応答するフラグ。

sudo apt-get -y install r-base

この時点で、Dropletに最新のRバージョンがインストールされているはずです。これをテストするには、 R 指図。

次のような出力が表示されます。

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

これで、Rインタラクティブシェル内に移動し、任意のRコマンドを実行できます。

Rを終了し、ドロップレットに戻ります。 q() 関数：

q(save = "no")

ステップ3—CRANからのRパッケージのインストール

ドロップレットにRがインストールされたので、ドロップレットのすべてのユーザーがRを使用できます。 Rをインストールすると、いくつかのデフォルトパッケージが自動的にインストールされますが、Rで本当に意味のあることを行うには、おそらく追加のパッケージをインストールする必要があります。多くのパッケージをインストールするには、少なくとも1GBのRAMを使用できるようにすることが重要です。

前述のように、CRANはR自体だけでなく、多くのRパッケージもホストします。 CRANでホストされている新しいRパッケージをインストールするには、または既存のパッケージを更新するには、 install.packages() Rの関数。パッケージsomepackageをインストールする場合は、Rを開いて、次のRコマンドを実行します。

# This is an example, do not run this
install.packages("somepackage")

ただし、Rの特定のユーザーによってインストールされたパッケージは、デフォルトではそのユーザーのみが使用できます。たとえば、ユーザーsammyがsomepackageをインストールした場合、ユーザーjessieはsomepackageもインストールするまで使用できません。

root としてインストールすることにより、Droplet上のすべてのユーザーが利用できるようにRパッケージをインストールすることができます。例として、RコードからWebアプリケーションを作成するために使用される非常に人気のあるパッケージであるshinyパッケージをインストールしてみましょう。パッケージをrootとしてインストールする1つの方法は、 root としてログインし、Rを実行して、 install.packages() 指図。ただし、 root としてログインしないことをお勧めします。そのため、代わりにrootとしてRコマンドを実行できます。また、 repos RStudio CRANリポジトリからパッケージがダウンロードされるようにパラメータを設定します。これは、R自体をダウンロードするときに使用したものと同じです。

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Rを開いて実行するのではなく、この方法でパッケージをインストールする install.packages() コマンド、 shiny パッケージは、Dropletのすべてのユーザーが利用できるようになります。

それを確認しましょう shiny ロードしようとして正しくインストールされました。 Rセッションを開始します。

Rで、 shiny パッケージ。

library(shiny)

前のコマンドを実行してもエラーは発生しません。ここでRを終了します。

q(save = "no")

ステップ4—インストール `devtools` パッケージ

多くのRパッケージはCRANでホストされており、ビルトインを使用してインストールできます。 install.packages() 関数には、 GitHub でホストされているが、CRANではホストされていないパッケージが他にもたくさんあります。 GitHubからRパッケージをインストールするには、 devtools Rパッケージなので、インストールしましょう。

The devtools Rパッケージでは、3つのシステムパッケージをドロップレットにインストールする必要があります。 libcurl4-gnutls-dev, libxml2-dev、と libssl-devc. 次の3つのパッケージをインストールします。

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

今、 devtools Rパッケージをインストールできます。 Rセッション内にインストールするのではなく、上記と同じ方法を使用してインストールすることを忘れないでください。 devtools すべてのユーザーが利用できる必要があります。

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

上記のインストールコマンド devtools 完了するまでに数分かかる場合があります。

ステップ5—GitHubからRパッケージをインストールする

今、私たちは devtools インストールすると、GitHubにある任意のRパッケージを使用してインストールできます。 install_github() 関数。 CRANパッケージの場合と同様に、GitHubパッケージをインストールするときは、システムシェルからコマンドを実行して、すべてのユーザーがパッケージを利用できるようにする必要があります。 shinyjs GitHubパッケージをインストールしてみましょう。これにより、機能が追加されます。 shiny パッケージ。 GitHubパッケージは、その作成者によって定義されています（daattali）とその名前（shinyjs).

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

それを確認しましょう shinyjs ロードしようとして正しくインストールされました。 Rセッションを開始します。

Rで、 shinyjs パッケージ。

library(shinyjs)

前のコマンドを実行すると、一部のメッセージが表示される可能性がありますが、エラーメッセージは表示されません。ここでRを終了します。

q(save = "no")

次のステップ

これで、DropletにRがインストールされました。

Rの詳細については、公式R Webサイトにアクセスするか、スワールパッケージを使用してRを実践的かつインタラクティブに学習してみてください。

CRANとその提供内容の詳細については、公式CRANWebサイトにアクセスしてください。

ドロップレットにRコードを記述した方がよい場合は、このチュートリアルを使用してRStudioサーバーをインストールすることをお勧めします。

ドロップレットでShinyコードのいずれかをホストする場合は、このチュートリアルを使用してShinyサーバーをインストールすることをお勧めします。

結論

このガイドでは、Ubuntu14.04ドロップレットでRをセットアップするために必要な手順を実行しました。また、GitHubとCRANからRパッケージをインストールすることの違いと、これらのパッケージをDropletのすべてのユーザーが利用できるようにする方法についても学びました。

getdocs

13036

序章